Na Averiguação Preventiva 95/03, os inspectores, depois de uma detalhada análise ao processo do Freeport, são claros: não há indícios de "qualquer acção ilícita". E concluem que a alteração da ZPE nada teve a ver com o licenciamento.
Estranhamente, em Outubro de 2004, a PJ de Setúbal abriu uma nova AP sobre o mesmo caso, quando existia já a 95/03 feita pela Brigada Central de Pesquisa.
Esta nova investigação foi aberta na sequência da recepção de uma carta anónima que terá sido elaborada por Zeferino Boal, antigo autarca do CDS, por indicação da directora da PJ de Setúbal, Maria Alice Fernandes. in DN 22Mar09